О Центре Администрация Ученый совет Структура Достижения Аспирантура Контакты Карта сайта

 

ЛАБОРАТОРИЯ ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ИНЖЕНЕРИИ
Группа Молекулярных Методов Анализа Генома


Состав Лаборатории
Области интересов
Основные достижения 
Избранные публикации

Руководитель группы (с 2004 года):
КОЧИЕВА ЕЛЕНА ЗАУРОВНА

доктор биологических наук 
профессор кафедры сельскохозяйственной биотехнологии ТСХА

ведущий научный сотрудник
тел.: 8 (499)-135 3050 
факс: 8 (499)-135-0571
e-mail: kochieva@biengi.ac.ru 

Группа Молекулярных Методов Анализа Генома была сформирована в 2003 году как часть лаборатории Генетической инженерии. Основным научно-исследовательским направлением группы является анализ биоразнообразия растительных геномов. Проблема оценки биоразнообразия лежит в основе понимания как общих вопросов эволюции, видообразования, филогении видов растений, так и механизмов фунционирования и взаимодействия конкретных генов. На данных о вариабельности геномов видов культурных растений и их дикорастущих сородичей базируется рациональное использование ресурсов природного биоразнообразия при создании новых улучшенных сортов сельскохозяйственных культур, идентификации источников новых агрономически ценных генов и генотипов, а также разработка новых молекулярных маркеров.

Состав Лаборатории:

ФИО, Должность, ученая степень    ФИО, Должность, ученая степень 
Рыжова Наталья 

н.с. 

 

Мартиросян Елена,

н.с.

 

  Холда Ольга, аспирант   

Главными направлениями деятельности группы являются:
• Оценка генетического разнообразия геномов для решения вопросов таксономии и филогении видов растений
• Исследование процессов видообразования и реконструкция эволюции последовательностей ядерного, хлоропластного и митохондриального геномов.
• Разработка новых методов детекции и анализа генетического полиморфизма функционально значимых последовательностей генома (в сотрудничестве с Plant Research International (Wageningen, the Netherlands); INRA-CNRS (Evry, France)).
• Генотипирование коллекции генбанков (в сотрудничестве с ГНУ ГНЦ РФ ВИР, Санкт–Петербург и Centre for Genetic Resources, Wageningen, the Netherlands)
• Разработка молекулярных маркеров, сцепленных с агрономически ценными признаками для маркер-ассоциированной селекции с целью генотипирования и создания новых улучшенных сортов культурных растений.

EcoTilling устойчивости Rx1 к вирусу PVX картофеля 96 сортов картофеля

Основные достижения
Область интересов группы охватывает различные таксономические группы как однодольных, так и двудольных растений, включая представителей таких семейств как: 
- Solanaceae (Solanum, Capsicum)
- Fabaceae (Lathyrus, Vicia, Pisum)
- Poaceae ( Aegilops)
- Alliaceae (Allium sativum) 
- Lemnaceae (Lemna, Spirodela, Wolffia)

Использование широкого спектра современных методов молекулярного анализа (AFLP, RAPD, ISSR, SSR, TILLING, DDP-profiling) и комплексного подхода в маркировании геномов позволяет проводить оценку полиморфизма различных по структурно-функциональной значимости участков ДНК, включая последовательности, как отдельных генов, так и генных семейств, а также эволюционно-нейтральных последовательностей ядерного, хлоропластного и митохондриального геномов. 

AFLP спектры дикорастущих и культивируемых видов перца (Capsicum)

Методы AFLP, RAPD, ISSR были использованы для характеристики коллекции Solanaceae (567 сортов 58 видов Solanum, 168 образцов 11 видов Capsicum) Poaceae (183 образца 25 видов Aegilops), Alliaceae (96 образцов Allium sativum), Fabaceae (91 образец Pisum, 49 образцов 22 видов комплекса Lathyrus/Vicia) ГНУ ГНЦ РФ ВИР (Санкт-Перербург) и Centre for Genetic Resources (Wageningen, the Netherlands). В результате были оценены уровни межвидового, внутривидового разнообразия и определены таксономические статусы спорных образцов коллекций.


 Анализ полиморфизма последовательностей семейств генов (генов устойчивости, генов протеинкиназ, и транскрипционных факторов) методом DDP-profiling позволил охарактеризовать генетический потенциал разнообразия функционально значимых участков у культурных и дикорастущих видов. Исследование полиморфизма нуклеотидных последовательностей ITS спейсеров генов рибосомной РНК в дополнение к данным анализа вариабельности хлоропластной (trnL-trnF, trnT-trnL, trnT-trnY, rpS16) и митохондриальной (гены nad1 и cox) ДНК были использованы для реконструкции молекулярной филогении исследованных видов, а также эволюции пластомных геномов.  

РСО анализ видов комплекса S. brevicaule AFLP дендрограмма 75 представителей Lemnaceae 

Основные публикации:
1. Рыжова Н. Н., Бурляева М.О., Кочиева Е.А., Вишнякова М.А.// Использование ITS последовательностей для оценки таксономических отношений у представителей трибы Vicieae (Adans.) Bronn сем. Fabaceae Lindl. Экологическая генетика. 2008. том 5, №3, С.3-13.
2. Рыжова Н.Н., Кочиева Е.З., Скрябин К.Г. // RAPD анализ геномного полиморфизма представителей семейства Lemnaceae. Генетика. 2008. том. 44, № 3, С. 360–364.
3. Горюнова С.В., Чикида Н.Н., Кочиева Е.З. // Молекулярный анализ филогенетических отношений диплоидных видов эгилопса секции Sitopsis. Генетика, 2007. том 44, № 1, С. 137-141.
4. Маритосян Л.В., Рыжова Н.Н., Кочиева Е.З. // Анализ полиморфизма микросателлитных локусов хлоропластной ДНК сортов картофеля отечественной селекции. Генетика. 2007. том 43. № 11. С. 1578-1581.
5. Рыжова Н.Н., Мартиросян Л.В., Колганова Т.В., Горюнова С.В., Кочиева Е.З. // Характеристика последовательностей спейсера trnL-trnF генов тРНК хлоропластной ДНК представителей рода Spirodela семейства Рясковых. Молекулярная биология. 2006. том 40, №6, С. 989-995. 
6. C.G van der Linden, Wouters D.E., Kochieva E.Z. , M.J. M. Smulders, Vosman B.// Efficient targeting of plant disease resistance loci using NBS profiling. Theor Appl Genet. 2004. V.109, P.384-393. 
7. Kochieva, E.Z., Ryzhova, N.N., van Dooijeweert W., Boukema I.W., Arens P. // Assessment of genetic relationships in the genus Capsicum using different DNA marker systems. EUCARPIA. 2004. P. 44-50. 

На главную
 
О центре | Администрация | Ученый совет | Структура | Достижения | Аспирантура | Контакты | Карта сайта

Designed by Dioskury